故事情节
    神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后，就像人间蒸发般，完全断绝了关于他们的消息……时间流逝，距离上次大会快将一年，这时候世界各地突然发生各种恐怖活动！究竟是什么组织策划？明察暗访，以希顿上校为首的军队终于调查到，一连串的恐怖活动，是由K’和Maxima两人所引起的……？！
    在希顿上校准备前往追查两人的同时，新一届《拳皇大赛》亦将开始……世界各地纷纷热闹起来，各地的格斗家们也为这个大会而雀跃！但叫人惊讶的是……在招待选手中，竟然存在K’和Maxima所组成的队伍？！究竟怎么一回事呢？为什么他们也会参加？
    至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织，亦“巧合”在这时候发动第二阶段计划？！是“偶然”还是“预谋”？！一切的谜题，都只是为大家带来一个讯息：新一届“THE KING OF FIGHTERS”即将开幕！

系统说明
操作说明
「假设玩家在左方」
↑：重直跳跃 ↗：前方跳跃 →：前进 ↘：蹲下 ↓：蹲下 ↙：蹲下(下段防御) ←：后退(上段防御) ↖：后方跳跃
A键：轻拳攻击 B键：轻脚攻击 C键：重拳攻击 D键：重脚攻击 
系统说明
「前冲」- 方向键→→
能够瞬间冲前，可以很快速移近对手。
「疾退」- 方向键←←
能够瞬间弹后，回避对手近距离攻击。
「小跳跃」- 一瞬间方向键↖or↑or↗
较正常跳跃为低，不单可以避过下段攻击，如果配合拳脚招式，反击能力更强。
「中跳跃」- 前冲中一瞬间方向键↖or↑or↗
和正常跳跃高度接近，而特别是速度较快。
「大跳跃」- 方向键↙or↓or↘后瞬间↖or↗
较正常跳跃为高，不过速度快，可以增强反击力。
「紧急回避·前方」- 防御中→+AB，会消耗一颗能量球
使用这招后玩家会瞬间逃到对手后方，方便作出反击。
「紧急回避·后方」- 防御中←+AB，会消耗一颗能量球
使用这招后玩家会瞬间滚后，和对手拉远距离，不过在墙边使用会有一定危险。
「超重攻击」- CD同时按下
比重击更强的攻击，能够将对手击倒至地。
「反击」- 防御中CD同时按下，会消耗一颗能量球
虽然使出“反击”后会消耗一颗能量球，能够将对手弹开，绝对值得，但就算反击成功也不会减少对手体力。
「防御破坏」- 连续攻击对手一段时间后防御自动破坏
受到对手连续攻击，即使一直防御，耐久值也会降低，当超过极限后，就会出现防御破坏。
「晕点」- 连续攻击对手一段时间后出现眩晕状态
受到对手连续攻击，眩晕值也会降低，当超过极限后，就会出现晕点。
「受身」- 倒地时按触地面瞬间AB同时按下
可以预防对手使用倒地攻击，以及更快形成反击。
「解投技」- 对手使出通常投技时AB同时按下，或者方向键的任意方向+任意键
当对手使用通常投技时，玩家同时按下AB，便可解除，或任意方向+任意键，也可解除，并可把对手掷飞。
「挑拨」- START键
没有特别用途，但玩家可以办酷。
「援护」- BC同时按下
此作依然继承前作以4人为一队，一样玩家只可控制其中3人，而除下的1人便专责“援护”。在画面下方除了可看到谁是专责“援护”外，“S”字样 旁边的小圆球则是使用次数。除此之外，己方输掉一名角色后，在下一ROUND将会增多1次“援护”，最多可以储存5次。只有被击中时不能使用外，其它时间都可使用。实际上不同角色都有不同的“援护”方式，分别有挑拨、回复、攻击、投技，不过最大特别是“援护”出现时，玩家控制的角色仍然可以攻击，于是便有夹攻的情况出现。此作“援护”系统在前作的基础上做了很大改善，能巧妙的运用“援护”，能使连续技显得更加华丽。
「紧急回避(前方·后方)」- →or←+AB同时按下
这项功能回到了KOF’98“紧急回避”的模式，并作了些改善，使回避的速度更加快和远。使出方法依然是→+AB同时按下“紧急 回避·前方”和←+AB同时按下“紧急回避·后方”。
「超必杀棒」
基本上和前作的储气方式相同，不论玩家击中对方，或者被击中“超必杀棒”都会渐渐增加。“超必杀棒”还是一样只可储3条，此外“继承”这项功能也恢复了，玩家们也不必为“超必杀棒”不能“继承”而担心了。
「COUNTER MODE」- 超必杀棒全满时(3条)ABC同时按下
这项功能与前作基本相同但也有所改善，使用后玩家可在“超必杀棒”倒数完毕前(大约20秒)，不断使用超必杀技，威力和一般必杀技相同。使用“COUNTER MODE”后还可以使用SUPER CANCEL，例如必杀技接驳超必杀技，特殊技接驳超必杀技等等。而且与前作不同是，“超必杀棒”使用完后，可立刻继续储气。
「ARMOR MODE」- 超必杀棒全满时(3条)BCD同时按下
这项功能使用后玩家可在“超必杀棒”倒数完毕前(大约20秒)，在防御状态下被必杀技击中也不会扣体力。至于使用“ARMOR MODE”后，该角色将会闪黄色，“超必杀棒”使用完毕后，可立刻继续储气。

全人物出招表


主人公队

K’ 

抓肘击：接近→或←＋C强袭丢投：：接近→或←＋D
寸杀：→+A 强袭膝撞：→+B 
扳机：↓↘→+A或C第二发子弹：扳击中→+B
第二盾：扳击中→+D乌鸦咬：→↓↘+A或C 
乌鸦再咬：重乌鸦咬中→D一分钟：↓↙←+B或D（可空中使用）
暗境穿梭：↓↘→+B或D  
★连锁驱动：↓↘→↘↓↙←+A或C
★热动：↓↘→↓↘→+A或C（可蓄至不可防）
★★连锁驱动：↓↘→↘↓↙←+AC
特殊援护：突進跳跃攻击（另一K’）

Maxima马克基马

捉踢摔：接近→或←＋C破踢击：：接近→或←＋D
蒙古式：→+AM9型飞弹（试作）：↘+C 
M4型大炮：↓↙←+A或C系统1：↓↘→+A 
双重轰炸：系统1中↓↘→+A 斗牛犬压制：双重轰炸中↓↘→+A
系统2：↓↘→+C翼碾：系统2中↓↘→+C
控制：翼碾中→+B或D 系统3：→↘↓↙←+B或D
组合压制：系统3中↓↘→+B或DM11型背摔：接近←↙↓↘→+B或D
M19型：→↓↘+B或D
★掩体摧毁：↓↘→↘↓↙←+A或C
★马克基马复仇：接近→↘↓↙←→↘↓↙←+B或D
★★马克基马复仇：接近→↘↓↙←→↘↓↙←+BD
特殊援护：版面的发弹攻击（Rocky洛基[机械战士]）

Ramon拉蒙

抛投：接近→或←＋C举投：：接近→或←＋D
低空落踢：↘+B虎颈判：接近←↙↓↘→+AorC
旋转马刀：→↓↘+BorD飞体踢：旋转马刀中→↓↘+BorD
宙返：←↙↓↘→+BorD昏步：↓↙←+AorC
★虎式压投：接近→↘↓↙←→↘↓↙←+AorC
★AIR·DIABLO·AMOLIRO·RAMON：↓↙←↙↓↘→+BorD
★★虎式压投→↘↓↙←→↘↓↙←+AC 
特殊援护：升龙攻击（Duke迪克[三人街霸？]）

Vanessa温妮莎

炸药掷者：接近→或←＋C敲击者：接近→或←＋D
单击：→+A滑击：↘+B
机枪连击：←↙↓↘→+A或C（连打）冲撞拳击手：←储→+A或C
躲避击打：→↓↘+A或C①拳击手幻象-前方：↓↘→+BorD
①拳击手幻象-后方：↓↙←+BorD招式①中可按：升击 →+A
猛直拳→+C流动 ←+AorC 
②拳击手流动：↓↙←+AorC招式②中可按：冲撞 →+AorC
躲避击←+AorC幻象前→+BorD
幻象后←+BorD 
★猛击拳击手：↓↙←↙↓↘→+AorC
★疯狂拳击手：接近时↓↘→↓↘→+AorC
★★冠军拳击手：↓↙←↙↓↘→+AC 
特殊援护：从画面上方降下攻击（Fio芬奥[合金弹头]）




红丸队

Benimaru二阶堂红丸

抓击：接近→或←＋C前抓掷：接近→或←＋D
旋转膝落：空中接近后除↑以外C或D杰克小刀踢：→+B
飞之技巧：空中↓+D雷刃拳：↓↘→+A或C（空中可）
居和脚：↓↘→+B或D反动三段脚：居和脚中↓↑+B或D
超级闪电踢：→↓↘+B或D真空片手驹：↓↙←+A或C
★雷光拳：↓↘→↓↘→+A或C 
★幻影飓风：↓↘→↓↘→+B或D
★★雷光拳：↓↘→↓↘→+AC
特殊援护：雷神拳的攻击（另一红丸）

Shingo矢吹真吾

钯铁：接近→或←＋C一刹背负投·不完全：接近→或←＋D
外式·轰斧：→+B百十四式·毒咬·未完成：↓↘→+A
百十五式·荒咬·未完成：↓↘→+C百十·鬼烧·未完成：→↓↘+A或C
二百十四式·琴月·未完成：→↘↓↙←+B或D百一式·胧车·未完成：←↓↙+B或D
真吾踢：←↙↓↘→+B或D真吾谨制·外式·花研：接近→↓↘+B或D
★外式·驱凤麟：↓↘→↓↘→+A或C
★燃烧真吾：↓↙←↙↓↘→+A或C
★★燃烧吧！真吾：↓↙←↙↓↘→+A或C 
特殊援护：版面的七十五式改,没中为挑拨（京子）

LIN麟

握斩：接近→或←＋C握斩鬼：接近→或←＋D
弁发拳：→+A 飞翼八极拳·打开：↘+C 
飞天脚：→↘↓↙←+BorD无影红砂手：→↓↘+AorC
翳：←↓↙+AorC 斩铁舞·罗刹：↓↘→+AorC
斩铁舞·波颈：斩铁舞·罗刹中→+A飞毛脚：↓↘→+BorD 
斩铁舞·那义：斩铁舞·罗刹中→↘↓↙←+AorC
★飞贼奥义·乱舞·毒蛾：↓↙←↙↓↘→+AorC 
★飞贼奥义·影响：←↙↓↘→←↙↓↘→+BorD
★★飞贼奥义·毒手功：↓↓↓+AC
★★飞贼奥义·乱舞·毒蛾：↓↙←↙↓↘→+AC
特殊援护：到敌人面前出“霞斩”（如月影二[KOF]）

SETH塞斯

肘当乱拳波动打：接近→或←＋C巴投：接近→或←＋D
铁肩靠：→+A 前扬蹴：→+B
跃踢：←+A冲滑踢：↘+B
降月：空中↓↘→+A冲滑踢：降月中↘+B
落月：空中↓↘→+B暗月：空中↓↘→+C
泳月：空中↓↘→+D升阳：↓↘→+Aor

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